Współpraca jest sprawą kluczową w kwestii osiągnięcia sukcesów. Dostęp do unikalnych manuskryptów Wydawnictwo uzyskuje dzięki współpracy z ośrodkami naukowymi w Europie i Azji, uniwersytetami, instytucjami rządowymi i kolekcjonerami wybitnych dzieł. Wśród tych instytucji znajdziemy m.in. Uniwersytet Jagielloński w Krakowie, Uniwersytet im. Mikołaja Kopernika w Toruniu, Zakład Narodowy im. Ossolińskich we Wrocławiu, Instytut Adama Mickiewicza, Stowarzyszenie Wydawców Katolickich, Deutsche Bibelgesellschaft we Frankfurcie, Wuerttembergische Landesbibliothek w Stutgarcie, Biblioteka Narodowa w Warszawie, Polski Instytut Książki, Polska Akademia Nauk, Muzeum Archeologiczne w Krakowie, Muzeum Narodowe w Warszawie, Muzeum Początków Państwa Polskiego w Gnieźnie, Archiwa Narodowe Zjednoczonych Emiratów Arabskich, Biblioteka Narodowa w Abu Dhabi, Muzeum Louvre w Abu Dhabi, Fundacja Króla Abdulaziza w Rijadzie, i wiele innych.

Współpraca z instytucjami oraz rządami wielu państw pozwala Wydawnictwu na realizowanie międzynarodowych projektów wydawniczych dedykowanych różnym krajom, wydarzeniom oraz osobistościom. Manuscriptum współpracuje z polskim Rządem, Ministerstwem Kultury, Ministerstwem Spraw Zagranicznych i Ministerstwem Rolnictwa oraz z instytucjami rządu Zjednoczonych Emiratów Arabskich, Ministerstwem Kultury i Turystyki, Ministerstwem Edukacji i Ministerstwem Spraw Zagranicznych. Podobnie z instytucjami rządu Królestwa Arabii Saudyjskiej czyli Ministerstwem Turystyki, Ministerstwem Rolnictwa i Ministerstwem ds. Mediów. Podejmujemy się realizacji projektów z rządem Kataru, ich Muzeum Narodowym, Biblioteką Narodową oraz Ministerstwem Kultury.